Преди започване на изследването трябва да се обмисли разработването на протокол, който определя кои етапи ще обхване изследването или кои методи ще бъдат включени в него. Протоколът е пътната карта в процеса на провеждане на изследването. Освен че предоставя пътна карта за изследователя, разработването на протокол има и ползи, като например намаляване на пристрастията и допринасяне за отчетността. Протоколът трябва да включва темата на изследването, областта, в която ще се търси (на този етап можете да определите базите данни или езиците, на които ще се търси), ключовите думи, които ще се използват при търсенето, и целите за времето. В зависимост от вида на прегледа изследователите могат да включат в протокола броя на статиите, които трябва да бъдат прегледани, или критериите за включване и изключване.
По-долу е представен изследователският протокол, който Kushairi и Ahmi (2021) са подготвили в своята статия за библиометричен анализ, озаглавена "Обърната класна стая през второто десетилетие на хилядолетието: Библиометричен анализ със закона на Лотка".Докато изследователите са използвали протокола в процесите на проверка и преглед, те също са допринесли за надеждността на своето изследване, като са го докладвали в статията.
Съществуват няколко насоки за разработване на протоколи за систематични прегледи. Най-известното от тези ръководства е разширението на PRISMA-P (Preferred Reporting Items for Systematic Review and Meta-analysis extension for Protocols) (Moher et al., 2016). Според насоките PRISMA-P протоколът трябва да включва следните компоненти:
"1. въведение
(а) Обосновка за избора на избраната тема
(б) ясен и разбираем изследователски въпрос или въпроси, включително термините PICO
(а) Следва да се определят критерии за включване по отношение на характеристиките на изследванията и докладите (език, статус на публикацията). Това могат да бъдат възрастови групи, географски региони, проекти на проучвания или мерки за резултатите. Отворените критерии за включване улесняват идентифицирането на съответните статии.
(б) Всички източници на информация трябва да бъдат посочени с очакваните дати на включване (използвани бази данни, личен контакт, използване на записи от проучвания, източници на сива литература).
(в) Опишете стратегията за търсене в поне една база данни.
(г) описание на начина, по който данните ще бъдат управлявани и преглеждани по време на процеса
(д) Трябва да се опише процесът на включване и изключване (напр. двама независими рецензенти и т.н.) за всяка част от прегледа.
(е) Планираният метод за събиране на данни трябва да описва и процеса на генериране на данни. Например могат да се включат формуляри, за да се осигури последователност при генерирането на данни.
(ж) Трябва да се посочат всички установени предположения или опростявания на данните.
(а) Критерии, по които проучванията ще бъдат обобщени количествено. Когато данните са подходящи за количествено обобщение, планираните обобщаващи мерки, обработката на данните, методите за обобщаване и всички предложени допълнителни анализи.
(б) Когато не е възможен количествен анализ, се планира видът на обобщението.
На всички етапи на прегледа трябва да се спазва протоколът за систематичен преглед. Освен това промените в протокола трябва да се проследяват и датират (Moher et al., 2016).
В процеса на разработване на протокола се подчертава значението на разработването на протокол, който определя кои етапи ще обхване изследването или кои методи ще бъдат включени в изследването, преди да започне изследването. Протоколът служи като пътна карта за провеждане на изследователския процес. В допълнение към предоставянето на пътна карта за изследователя, разработването на протокол има и други ползи, като например намаляване на пристрастията и допринасяне за отчетността. Предварително определеният протокол дава структура и насока на изследователския процес, спомага за намаляване на грешките и пристрастията, гарантира, че прегледът е регистриран, и може да бъде изискване за публикуване.