Качествените изследователи използват теорията в своите проучвания по няколко начина. Първо, подобно на количествените изследвания, тя се използва като широко обяснение на поведението и нагласите и може да бъде допълнена с променливи, конструкти и хипотези. Например етнографите използват културни теми или "аспекти на културата" (Wolcott, 1999, с. 113), за да ги изследват в своите качествени проекти, като например социален контрол, език, стабилност и промяна или системи за социална организация, като родство или семейства. В този контекст темите предоставят готова поредица от хипотези от литературата, които да бъдат проверени. Въпреки че изследователите може да не ги наричат теории, те предоставят широки обяснения, които антрополозите използват, за да изучават поведението и нагласите на хората, споделящи културата.
На второ място, изследователите все по-често използват теоретична леща или перспектива в качествените изследвания, която осигурява цялостна насочваща леща за изучаване на проблемите на пола, класата и расата (или други проблеми на маргинализирани групи). Тази леща се превръща в застъпническа перспектива, която оформя видовете задавани въпроси, информира за начина на събиране и анализиране на данните и предоставя призив за действие или промяна.
Качествените изследвания през 80-те години на ХХ в. претърпяха трансформация, за да се разшири обхватът на изследването и да се включат тези теоретични постановки. Те насочват изследователите към това кои въпроси е важно да бъдат изследвани (напр. маргинализация, овластяване) и хората, които трябва да бъдат проучени (напр. жени, бездомни, малцинствени групи). Те също така показват как изследователят се позиционира в качественото изследване (напр. предварително или предубедено от личен, културен и исторически контекст) и как трябва да бъдат написани окончателните писмени отчети (напр. без допълнително маргинализиране на хората, чрез сътрудничество с участниците). В изследванията на критическата етнография изследователите започват с теория, която дава информация за техните проучвания. Тази каузална теория може да бъде теория на еманципацията или репресията (Thomas, 1993). Creswell (2007) предоставя списък на някои от тези качествени теоретични перспективи, достъпни за изследователя, които включват следното:
Rossman и Rallis (1998) улавят смисъла на теорията като критична и постмодерна перспектива в качественото изследване. В края на 20th век традиционните социални науки бяха подложени на все по-засилен контрол и атаки, тъй като привържениците на критичните и постмодерните перспективи оспорваха обективистките допускания и традиционните норми за провеждане на изследвания. Централно място в тази атака заемат четири взаимосвързани понятия:
На трето място, различни от тази теоретична ориентация са качествените изследвания, при които теорията (или някакво друго широкообхватно обяснение) се превръща в крайна цел. Това е индуктивен процес на изграждане от данни към широки теми, към обобщен модел или теория (Punch, 2005). Изследователят започва със събиране на подробна информация от участниците, след което преобразува тази информация в категории или теми. Тези теми се развиват в широки модели, теории или обобщения, които след това се сравняват с личния опит или със съществуващата литература по темата. Развитието на темите и категориите в модели, теории или обобщения предполага различни крайни точки за качествените изследвания. Например при изследването на случаи Stake (1995, с. 86) нарича твърдението пропозиционално обобщение - обобщението на интерпретациите и твърденията на изследователя, към които се добавя личният му опит, се нарича "натуралистични обобщения". Като друг пример може да се посочи, че обоснованата теория предоставя различни крайни точки. Изследователите се надяват да открият теория, която се основава на информация, събрана от участниците (Strauss & Corbin, 1998). Линкълн и Губа (1985 г.) наричат "теории на модела" обяснения, които се развиват по време на натуралистично или качествено изследване. Вместо дедуктивната форма, която се среща при количествените изследвания, тези теории на моделите или обобщения представляват взаимосвързани мисли или части, свързани с едно цяло.
И накрая, някои качествени изследвания не използват изрична теория. Въпреки това може да се каже, че нито едно качествено изследване не започва с чисто наблюдение и че предварителната концептуална структура, съставена от теория и метод, представлява отправна точка за всички наблюдения (Schwandt, 1993). Все пак се срещат качествени изследвания, които не съдържат изрична теоретична ориентация, като например във феноменологията, при която изследователите се опитват да изградят същността на опита от участниците (Riemen, 1986). В тези изследвания изследователят изгражда богато, подробно описание на централен феномен.